Entraîné par son oncle dans une zone interdite du métro de Brooklyn, Miles Morales est mordu par une araignée radioactive. À son école privée le lendemain, l'adolescent afro-latino-américain colle ses doigts englués sur les cheveux de Gwen Stacy, une nouvelle élève qu'il voulait séduire. Honteux, le garçon en fuite réalise qu'il a acquis les pouvoirs surnaturels de son idole Spider-Man, alias Peter Parker. Or, peu après, ce dernier se fait tuer sous ses yeux, en échouant à neutraliser un collisionneur de particules, qui fait basculer New York dans un univers parallèle. Avant de s'éteindre, Parker a pu remettre à Miles la clé usb qui contrôle l'appareil, et lui confier la mission de rétablir l'ordre du monde, déréglé par le vil et puissant Kingpin. L'adolescent est alors rejoint dans ce monde parallèle par diverses incarnations du superhéros arachnéen, issues d'autres espaces-temps.